Tartalom

• Szoftver áttekintés
• Támogatott fájltípusok
• Elsődleges fájlkiterjesztés
• Az Integrated Genome Browser által használt egyéb fájlkiterjesztések 9

Változat (2016.06.29-től)	9
állványok
Engedély	Nyílt forráskód
Kategória	Tudományos

További információ (látogató webhelye)

Értékelés: 2.8 / 5 (6 szavazat)

Szoftver áttekintés

Főbb jellemzői

• Támogatja a különböző genomformátumokat, mint például a GenBank és a FASTA
• Kapcsolódjon az adatokhoz nagyítással és panorámaképezéssel
• A genomok elérése és betöltése a QuickLoad oldalakról
• Átalakítsa az adatokat különböző gráf formákba
• Adatok megosztása a munkatársakkal a Dropbox segítségével
• Telepítse a bővítményeket további funkciókhoz

Az integrált genom-böngésző (IGB) egy nyílt forráskódú program, amelyet nagy genomikus adatkészletek megtekintésére és felfedezésére használnak. Megtekintheti a különböző adatformátumokat, kölcsönhatásba léphet az adatokkal, létrehozhat grafikonokat, mentheti az adatokat képként, és megoszthatja az adatokat a munkatársakkal.

Az IGB lehetővé teszi, hogy az adatokat a feljegyzésekből és az összehangolt sorozatokból nézze meg. A program számos olyan formátumot támogat, mint a FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband és GenBank. Adatokat készíthet, és különböző grafikonformákká alakíthatja át, beleértve a nem megfelelő grafikonokat az adatkülönbségek és a mélységgörbék kiemeléséhez a lefedettség megjelenítéséhez. Az adatok segítségével az IGB nagyítási és panorámaképezési animációival is kölcsönhatásba léphet.

Az IGB lehetővé teszi, hogy a QuickLoad webhelyekről érje el és töltse be a genomokat, amelyek egyszerű rendszerek a könyvtárak, szekvenciák és más adatfájlok számára a megjelenítés céljából. Az IGB fejlett funkcionalitást biztosít a plugin támogatással a funkcionalitás és a munkafolyamat-automatizálás szkriptek használatával történő hozzáadásához. Az IGB továbbfejlesztett funkciókat biztosít az adatok megosztásához, függetlenül attól, hogy kiváló minőségű JPEG, PNG vagy SVG formátumú képeket tesz-e közzé, vagy tárolja az adatokat a Dropboxban, hogy együttműködő partnerei hozzáférjenek a projekthez.

Az IGB-t elsősorban az egyetemi kutatók, biológusok és bioinformatikusok használják. Speciális eszközöket biztosít a különböző genomadat-formátumok megnyitásához, az adatok különböző gráfokként történő megjelenítéséhez, valamint az adatok megosztásához a munkatársakkal. Sajnos a program a folyamatos fejlesztés támogatására támaszkodik, ami azt jelenti, hogy a kérelem támogatása bármikor megszűnik. Az integrált genom-böngésző azonban még mindig alkalmas, testreszabható program azoknak a felhasználóknak, akik a genomadatok felfedezésére és elemzésére törekednek.

Támogatott fájltípusok

Elsődleges fájlkiterjesztés

.XML - XML ​​fájl

Az Integrated Genome Browser által használt egyéb fájlkiterjesztések 9

Támogatott fájltípusok
.ÁGY	UCSC BED Annotációs számfájl
.DAS	DeltaMaster elemzési munkamenet
.FA	FASTA formázott sorrendfájl
.FAS	FASTA sorrendfájl
.FASTA	FASTA sorrendfájl
.GB	GenBank adatfájl
.SGR	SGR genom adatfájl
.USEQ	USeq genom adatfájl